Клиника основана 12 октября 1914 года. Выдающиеся деятели отечественной медицины — академики И.А.Кассирский, В.Р.Брайцев, М.С.Малиновский, Н.В.Коновалов, А.Е.Рабухин и многие другие не только сыграли огромную роль в становлении клиники как многопрофильного лечебно-медицинского центра, но и сделали ее известной за рубежом как «Оксфорд на Яузе».
ЦКБ № 2 им. Н.А.Семашко ОАО «РЖД» является лауреатом Международной Премии «Профессия-жизнь» за достижения в области клинической медицины.
В больнице на базе Центра медицинских технологий регулярно проводятся консультации пациентов с участием ведущих российских и зарубежных специалистов.
